استاد شهید مطهری در تعریف وظایف اصلی حوزه¬های علمیه معتقدند: «منظور از وظائف اصلى مجموع امورى است كه ايده آل و كمال مطلوب در حوزه¬هاى علميه محسوب مى¬شود، كه اگر اين حوزه¬ها در صدد بر آمدند و امكانش را تحصيل كردند همه آنها را بايد انجام دهند». این وظایف را در 26 مورد خلاصه کرده¬اند، که عبارتند از:

1. احياء همه علومى كه هم اكنون جزء علوم اسلامى محسوب مى¬شود: از تفسير، حديث، درايه، رجال، فقه، اصول، ادبيات، تاريخ اسلام، تاريخ ملت¬هاى مسلمان، كلام اسلامى، فلسفه اسلامى، عرفان اسلامى، اخلاق اسلامى، منطق اسلامى، با توجه به سير تحولى و تاريخى آنها و مشخص ساختن نقش شخصيت¬هایى كه در پيشبرد اين علوم مؤثر بوده¬اند يعنى علاوه بر اينكه خود اين علوم مشمول احيا و اصلاح و آرايش و پيرايش قرار مى-گيرند، تاريخ تحول اين علوم نيز دقيقا مشخص مى¬شود.
2. حفظ و نگهدارى و نگهبانى مواريث فرهنگى اسلامى، اعمّ از علمى و فنى از طريق فهرست كردن و گردآوردن در حد امكان.
3. برقرارى رابطه علمى با همه مراكز علمى اسلامى در كشورهاى عربى، آفريقائى، آسيایى، اروپایى و اطلاع از فعاليت¬هاى اسلامى در آن مراكز.
4. تقويت و ترويج زبان عربى در حد مكالمه كامل و استفاده وافى از هر نوع كتاب عربى به زبان معاصر .
5. آشنائى هر فرد لااقل با يك زبان خارجى در حد استفاده از كتابها و سخنراني¬ها .
6. ادبيات فارسى در جنبه¬هاى ارتباط با فرهنگ اسلامى و شناختن زبان فارسى به عنوان زبان دوم اسلامى.
7. آشنائى با علوم انسانى جديد از قبيل روان¬شناسى، جامعه شناسى، جغرافى جهانى، تاريخ جهانى، در حد بيگانه نبودن.
8. اطلاع بر فلسفه اخلاق، تعليم و تعلم، مكاتب اخلاقى گوناگون قديم و جديد و مقايسه با اخلاق اسلامى در حد اجتهاد و تخصص.
9. اطلاع بر فلسفه تاريخ و تعليم مكاتب مختلف اين فلسفه و روشن ساختن فلسفه تاريخ از نظر قرآن، در حد اجتهاد و تخصص.
10. اطلاع بر مكاتب و سيستم¬هاى اقتصادى جهان و تعليم و تعلم آن مكاتب و روشن ساختن اصول اقتصاد اسلامى، در حد تخصص و اجتهاد.
11. شناخت ماهيت تمدن و فرهنگ اسلامى، توأم با مقايسه با همه تمدن¬ها و فرهنگ¬هاى ديگر و روشن ساختن اصالت آن و مميزات آن و معرفى روح اين فرهنگ.
12. تاريخ اديان در حد آشنایى و بيگانه نبودن و احيانا در حد تخصص و اجتهاد.
13. تعليم مكتب¬هاى رایج الحادى معاصر به صورت بسيار دقيق از قبيل ماركسيسم، اگزيستانسياليسم، نهليسم و غيره و نقد آنها با موازين اسلامى.
14. تعليم مكاتب حقوقى قديم و معاصر و مقايسه با حقوق¬اسلامى به عنوان حقوق تطبيقى.
15. فلسفه تطبيقى بر اساس تعليم زنده¬ترين مكاتب فلسفى معاصر و مقايسه با فلسفه اسلامى.
16. منطق تطبيقى بر اساس تعليم روش¬هاى منطقى جديد، بخصوص منطق سمبوليك و مقايسه با منطق اسلامى .
17. سيره نبوى و سيره ائمه اطهار عليهم السلام به صورت تحليلى و تفسيرى.
18. مسائل قرآنى شامل تاريخ نزول آيات و سور، اعجاز قرآن، محكم و متشابه قرآن، ناسخ و منسوخ قرآن، معارف قرآن و غيره.
19. نقش اساسى شيعه در علوم و فرهنگ اسلامى.
20. تاريخ جهادهاى علمى و اخلاقى و اجتماعى شيعه.
21. بحث¬هاى مربوط به امامت، خصوصا با توجه به انحرافات جديد.
22. اثبات امامت به طور عام و امامت هر يك از ائمه به نحو خاص (جزء كلام است).
23. مسائل مربوط به وحى و نبوت و اثبات علمى بودن وحى (جزء كلام است).
24. مسائل مربوط به معاد (مندرح در كلام است).
25. مسائل مربوط به توحيد (مندرج در كلام است).
26. رشته¬اى شدن و تخصصى شدن به علوم و ادبى، تاريخى، اصول دينى، فروع دينى و غيره .

مطهری، مرتضی؛«پيرامون جمهورى اسلامى»، ج1،ص34-37